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Der Amazonas-Regenwald erstreckt sich über die Großregion Nord und umfasst dabei ganze 47% der Landesfläche. Es handelt sich um die größte Waldformation der Erde, bedingt durch äquatorial-humides Kima. Im zentralen Amazonas kommen dichte Wälder auf drei unterschiedlichen Bodenarten vor: auf permanent festem Boden (terra firma), auf teilweise überflutetem Boden (várzea) und auf ständig überflutetem Boden (igapó).

Der Cerrado (Savanne) ist mit einem Landesflächenanteil von 22% das Ökosystem des Zentralen Brasilianischen Hochlandes. Klimatisch lassen sich zwei deutliche Jahreszeiten voneinander unterscheiden. Weite Felder, frei von jeder hölzernen Vegetation, wechseln sich mit Gegenden dichten Strauchwerks ab.

11% des nationalen Territoriums fallen auf die Caatinga im Nordosten des Landes, im zentralen Bereich des Sertão schon ein Halbwüstengebiet mit hohem Risiko der Wüstenbildung. Die Übergangsbereiche mit weniger intensiven Trockenzeiten erstrecken sich in Richtung Küste und werden Agreste genannt.

Der Atlantische Regenwald war ursprünglich der Wald mit der weitesten Ausdehnung über etliche Breitengrade des Planeten, er reichte von 6 Grad bis zu 32 Grad südlicher Breite und machte 15% der Landesfläche aus. Von seiner ehemaligen Ausdehnung sind heute noch 7% verblieben. Diese großräumige Erstreckung bedeutet unterschiedliche Klimate und somit eine äußerst hohe Artenvielfalt.

Beim Pantanal handelt es sich um die größte Überschwemmungs-Tiefebene der Erde, die immerhin 1,8% des riesigen Landes einnimmt. Das Pantanal ist eine Übergangszone zwischen Cerrado und dem Amazonensischen Tiefland. Es bildet aufgrund etlicher kleiner Erhebungen und des immer unterschiedlichen Überschwemmungszyklus ein Mosaik an landgebundenen Ökosystemen. Neben diesen Hauptökosystemen existieren noch die der südlichen Pampas, der ebenfalls südlichen Araukarienwälder sowie Küsten- und Inselökosysteme.